時は西暦2205年、とある本丸は江戸での調査任務を命じられる。
いつものように準備をし、本丸から出陣する刀剣男士達。
しかし、時空転移の際に時間遡行軍に干渉されてしまう。
その結果、彼らがたどり着いたのは江戸ではなく、2021年の日本だった。
見知らぬ地でバラバラになってしまい、途方に暮れる刀剣男士達。

一方、2021年に生きる「あなた」は街の中で不思議な巻物を拾う。
「ふさわしい者のみがこの巻物を開くことができる。
『導く者』よ。封印を解除し、火急の事態に対処せよ」
巻物に浮かび上がる文字に困惑する「あなた」の元に、こんのすけと名乗る狐が現れる。
「あなた」はこんのすけと共に、バラバラになった刀剣男士を探すことになった。

そして「あなた」は刀剣男士に出会う。

「もしかしてあんたが『導く者』？ 見つけてもらえて助かったよ」
「なるほど、2021年か。思ったのとは随分違う場所に来たのう」
「協力してくれる者が既に見つかっているとは、幾分か安心したよ」
「時空転移に干渉してきた時間遡行軍を、ここで倒す必要がありそうだね」
「ああ。……あんた、本丸に戻るまでの間、手を貸してくれないか」

巻物の情報を元に、本丸に戻る方法を探すことになった刀剣男士達。
果たして「あなた」は無事に、彼らを本丸に帰還させることができるのか……!?